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1)行为的目的不同。集资诈骗罪的行为人必须具有非法占有所募集的资金的目的，包括据为已有、据为单位或者他人所有。而非法吸收公众存款罪的行为人主观上则不具有非法占有的目的，而是通过非法吸收、变相吸收公众存款而用于营利活动，以牟取暴利。实践中，判断行为人是否具有“非法占有”的目的是区分集资诈骗罪与非法吸收公众存款罪的关键。
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2)行为方式不尽相同。前者是使用诈骗方法，即使用捏造事实、编造谎言或者隐瞒真相的方法骗取公众财物;而后者则不要求必须使用诈骗方法，哪怕是以真实的方法来吸收公众存款，也可以构成非法吸收公众存款罪。
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3)侵犯的客体不同。前者主要侵犯的是公司财产的所有权，而后者主要侵犯的是国家金融管理秩序，非法集资诈骗的数额并不是量刑的唯一依据。
法律依据：
《刑法》第一百七十六条
【非法吸收公众存款罪】非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款，扰乱金融秩序的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
有前两款行为，在提起公诉前积极退赃退赔，减少损害结果发生的，可以从轻或者减轻处罚。
第一百九十二条
【集资诈骗罪】以非法占有为目的，使用诈骗方法非法集资，数额较大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
