工程质量鉴定程序如下：
1、委托，司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。
2、受理，司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核。
3、初次鉴定。
4、补充鉴定。
5、重新鉴定。
6、复核鉴定。
7、司法鉴定文书的出具。
法律依据：
《建筑法》第六十一条
交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。
建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；
未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。