疾病住院，农村合作医疗住院当天在住院处就可以登记，外伤的话一般住院3天内登记，如果医疗所在地和医院有合作关系，出院当天就可以报销，如果没有，大概需要1个月左右的时间吧。具体要根据当地政策决定，每个地方都有差异。
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条　符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。