1.员工申请仲裁不影响公司申请破产。公司破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，应当先用于支付员工的工资。
2.法律依据：《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条 所欠的员工工资等是在企业资产清偿破产费用后进行。一般来说是可以得到清偿的。