变造国家机关公文罪才立案标准如下：
1.行为人实施了变造国家机关的公文的行为。对于实施前述行为的行为人，应处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；
2.情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。