set协议的缺点如下：

1、协议没有说明收单银行给在线商店付款前，是否必须收到消费者的货物接受**。否则的话，在线商店提供的货物不符合质量标准，消费者提出疑义，责任由谁承担。

2、协议没有担保“非拒绝行为”，这意味着在线商店没有办法证明订购是不是由签署**的消费者发出的。

3、SET技术规范没有提及在事务处理完成后，如何安全地保存或销毁此类数据，是否应当将数据保存在消费者、在线商店或收单银行的计算机里。SET协议过于复杂，使用麻烦，成本高。

4、SET支付方式和认证结构适应于卡支付，对其他支付方式是有所限制的。