商铺二手房交易的税种不同算法也不同。营业税是需要用成交价减去评估价，在此基础上乘以6.5%，按照这个比例来收取营业税、土地增值税、土地增值税，使用增值税额乘以税率，税率的范围一般在30%到60%之间，最终用申报价扣除项目金额，再加上原契税和本次的营业税就可以得出土地增值税。除此之外再扣除0.1%的工本印花税，虽然在不同地区会对税额的比例要求有所不同，但是整体的税率差别不会特别大，所以二手的商铺在交易的过程中税率还是很高的。