99和39的最大公因数是3，算法为：

　　①分别对两个数进行分解质因数：

　　99=3×3×11；

　　39=3×13；

　　②找到所有共有的部分：3；

　　③因为99和39共有的质因数只有3，所以99和39的最大公因数是3。