1、经费和学费不同。民办本科院校的办学经费，主要是靠社会组织或个人出资、其他组织和个人的捐助、收取学费。这是民办院校和公办院校最根本的区别，民办学校收取学费、是学校办学经费的主要来源，所以，民办院校的学费一般是比较高的。

2、办学目的不同。教育本来就是公益性事业，但是民办本科院校有民间资本的介入，大多数民办院校还摆脱不了资本的固有属性，所以对于大多数民办院校来说，赢利是他们办学的目的之一。

3、教学设置不同。民办本科院校的资金来源有限，在基础设施的建设与维护方面，投入不会太多，所以教学所需的设施设备，相对来说不会太完善。

4、管理体制不同。民办本科院校一般由出资方子健专门对学科进行管理，如学校的董事会、管理委员会之类的机构。