HPV疫苗的不良反应通常比较轻微，持续时间也比较短。最常见的不良反应主要是局部的疼痛、红肿。九价疫苗的局部反应比四价更常见，可以说接种九价疫苗的大部分人都会有局部症状。

　　至于全身不良反应，最常见的是发热，其次是头痛、恶心和疲劳。但大部分人的不良反应症状持续不会超过4-5天，也无需特殊治疗。而其他曾有报道的神经系统并发症、血管栓塞等严重不良反应等都未得到世界卫生组织的证实。

　　青春期女性接种疫苗有发生晕厥的报道，因此接种疫苗后一定要静坐30分钟再离开接种点。如果接种后有过敏反应或者知道自己对疫苗当中某些成分过敏，应避免接种。