一体化的立法保护能够提高软件保护的效力等级，增强保护的权威性。制度设计上可将《计算机软件保护条例》基本理念和行之有效的主要制度纳入《著作权法》的统一制度系统，将上述一体化保护理念贯彻到相应的制度设计上，切实建立一体化保护软件著作权的法治机制。
从颁布实施，后经修订的《计算机软件保护条例》（以下称《条例》）确立了我国计算机软件著作权保护的基本理念与制度，明确将鼓励计算机软件的开发与应用，促进软件产业的发展作为立法宗旨，强调对软件著作权的保护不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等。这一软件著作权模式既考虑了计算机软件作品的复杂性、创新程度参差不齐的实际状况，又兼顾了权利人利益与公众利益的平衡，顺应了当时我国软件产业发展的需要。
《条例》以单行行政法规的形式赋予计算机软件权利人享有发表权、复制权、署名权、修改权、发行权、取得报酬权、出租权、信息网络传播权和翻译权等，软件作品的主体主要是法人和组织，软件权利人享有权利的属性以经济权利为主，精神权利为辅，彰显了软件作品实用性和工具性的特点，基本符合TRIPS协议的规定，在当前正在进行的《著作权法》修订中，这些行之有效的制度应当继续发挥应有的作用。
然而，软件著作权保护中也存在一些不容忽视的问题，如软件正版化制度基础薄弱问题、网络环境下软件作品的使用问题、软件盗版行为屡禁不止等问题。软件著作权保护亟需全面深入的制度创新以更好地保护软件著作权人合法权益，保障我国软件产业持续健康发展。
一、提高立法层次，一体化保护软件著作权
原有的计算机软件著作权保护以国务院以单行条例的形式实行特别法保护，这种保护模式效力等级低，保护的权威性和力度远远不够。《著作权法》修订中，应当将计算机软件作品和其他类型的作品纳入一体化法律保护中，将计算机软件作品作为著作权法法律规制的一般性作品加以保护，不再设置软件保护的特别法。
一体化的立法保护能够提高软件保护的效力等级，增强保护的权威性。制度设计上可将《计算机软件保护条例》基本理念和行之有效的主要制度纳入《著作权法》的统一制度系统，将上述一体化保护理念贯彻到相应的制度设计上，切实建立一体化保护软件著作权的法治机制。
二、吸收国外著作权法立法经验，科学界定计算机程序
软件技术的发展以及国内外软件版权保护的实践表明，计算机程序的内涵较之先前有了实质性变化，计算机程序的独创性不仅体现在指令上，还体现在相关数据上，在软件技术实现和功能实现中指令、符号、数据不可分割。《俄罗斯民法典》（著作权法）将计算机程序界定为：以客观形式表现的，用于电子计算机或其他信息处理装置运行的数据与指令的总和，准确地表达了计算机程序内涵与属性的最新变化，恰当地反映了当今计算机程序使用和发展的态势。《著作权法》修订中当及时吸收俄罗斯著作权法的立法经验，将计算机程序界定为：以客观形式表现的，用于电子计算机和其他信息处理装置运行的数据与指令的总和。
三、多管齐下，为软件正版化构筑有效制度
对计算机程序的合理使用范围的限制是软件正版化的制度根基。计算机程序的合理使用涉及国家、著作权人、软件使用者之间的利益平衡，涉及对不当使用行为和滥用合理使用行为的限制和规制。应当多管齐下，为国家软件正版化构筑有效的制度支撑。
首先，明确规定计算机程序的修改权，保护软件作品完整权。网络信息技术和计算机程序紧密融合使得对计算机程序进行修改的方式或形式日益复杂，计算机程序的动态修改技术手段日益多样，软件正版化工作由此步履艰难。云计算技术的发展更加催生了对计算机程序进行移除、增补、删节或者以改变指令、语句顺序外的其他方式或形式的动态修改行为，这些行为使软件作品的正常使用目的难以实现，损害了软件作品的完整权。设置修改权，遏制计算机程序运行中的动态修改行为，已经成为软件正版化的重要制度基础。《著作权法》的修订应当对修改权制度做出适当安排，以更好地体现立法的前瞻性，增强《著作权法》的适应性。借鉴《伯尔尼公约》的有关规定，修改权可定义为，对计算机程序进行增补、删节，或者改变指令、语句顺序和其他变动的权利。
其次，完善软件作品合法使用制度，为软件正版化构筑坚实的制度基础。对计算机程序进行装载、显示、运行、传输或储存等复制行为是计算机程序广泛存在的使用行为，这些“功能性使用行为”属于著作权“复制行为”，规范这些行为是软件正版化的基础。现行《著作权法》和《条例》对此明确不够，只有在民事司法解释中进行了有限说明，导致保护范围过窄。《著作权法》修订中应当着力完善软件作品的功能性使用行为的限制制度。一方面明确合法使用的范围：经权利人的许可，根据使用需要，可将计算机程序装入计算机等具有信息处理能力的装置内；可在计算机等具有信息处理能力的装置上对计算机程序进行装载、显示、运行、传输或储存等复制行为；为了学习和研究计算机程序内含的设计思想和原理，计算机程序复制件的合法所有者，通过安装、显示、传输或者存储等方式复制少量计算机程序，可不经过计算机程序著作权人许可，不向其支付报酬。另一方面，要对合理使用行为进行必要的限制：未经权利人许可，计算机程序的合法使用者不仅有义务保证软件使用中不得向任何第三方提供必要修改后的程序，更不得向第三方提供任何方式和形式的修改程序的技术工具；合法使用者防止计算机程序损坏而制作备份复制件应当有明确的数量限制，且此备份复制件不得通过任何方式提供给他人使用，并在本人丧失合法授权时，负责将备份复制件销毁。
再者，合理平衡善意第三人与软件著作权人之间的利益。善意复制件使用人的继续使用是软件正版化推进中必须解决难题之一，相应的制度设置应当允许善意第三人的继续使用，同时应当尊重计算机程序著作权人的著作权。对善意软件复制件使用人责任的规定过于宽松，将会导致软件著作权人合法权益受到侵害威胁。善意复制件人一旦知道其使用的计算机程序侵权后，如为避免重大损失继续使用计算机程序的行为实际上是善意第三人和著作权人之间的契约行为，善意复制件人的继续使用应当由双方协商，取得著作权人的许可。
四、加大软件盗版打击力度，提高软件侵权成本
软件盗版屡屡发生的一个很重要原因在于软件侵权打击力度不够，盗版者的违法成本过低。为此，应当加强软件著作权的执法，合理设置软件著作权侵权赔偿责任和刑事责任，遏制最终用户盗版侵权，对恶意侵权行为加大制裁力度。
软件著作权保护至关重要的问题就是如何通过法律途径遏制最终用户盗版侵权。目前，计算机软件最终用户盗版，特别是企业最终用户的盗版侵权行为，是中外软件著作权人维护合法权益面临的严峻挑战。世界不少国家都依据WTO的相关协议通过国内立法对最终用户商业性使用盗版侵权行为追究相应的刑事法律责任，很大程度上震慑和遏制了企业最终用户盗版侵权行为。在本次《著作权法》的修订和完善中，对商业最终用户侵权盗版致使软件著作权人遭受严重损失的行为的刑事追责问题应予以解决，将商业最终用户未经授权使用、安装计算机软件的行为规定为以非法复制的方式侵犯著作权的行为，以此实现《著作权法》有关侵犯著作权的刑事责任的规定与相关刑事法律的规定的衔接。
著作权的执法应当与专利执法、商标执法相统一，执法依据应当具体，应当有利于著作权执法的及时有效开展；侵权赔偿要足以弥补著作权人因遭受侵权所致的全部损失，以增加侵权者的违法成本。损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿，权利人的损失或者侵权人的违法所得应参照损失发生时权利交易（转让、许可等）的市场价格确定；提高侵权法定赔偿额的额度。侵权人还应当足额赔偿权利人为制止侵权行为所支付的开支并单独计算。
为了更加有效地维护软件作品权利人的利益，为软件产业的持续健康发展打下坚实法律保障基础，对两次以上侵犯著作权的行为或故意侵犯著作权情节严重的行为，可设立惩罚性赔偿制度，对于两次以上侵犯著作权或者相关权的，或故意侵犯著作权使著作权人遭受严重损失的，按上述侵权赔偿数额的二至三倍确定赔偿数额。另外，为打击恶意侵权，保证权利人能够通过技术保护措施保护其合法权益不受侵犯，威慑和制止日益泛滥并给权利人造成巨大损失的破坏技术保护措施的行为，本次《著作权法》修订应当加大对技术保护措施的保护力度，严厉打击破坏技术保护措施和制造、提供、传播、进口用于破坏技术保护措施的设备、工具、方法等非法行为。
五、完善证据保全措施，为维权取证提供便利
软件行业的特殊性决定了权利人维权过程中搜集直接侵权证据困难重重，目前有关证据保全的规定将过多的自由裁量权如是否接受申请，何时接受申请赋予了法院，导致同样类型的案件在申请证据保全时全国各地法院的处理方法差异很大，难以为权利人将侵权行为诉诸于法律提供有效的制度保障。为便利权利人取得有关证据，更积极主动地采取维权行为，《著作权法》的修订应当明确人民法院“收到”申请后（而不是现在规定的“接受”申请后），48小时内作出裁定；裁定采取保全措施的，应当立即执行；裁定驳回申请的，应当给予书面裁决并允许申诉和上诉。这样才能真正发挥证据保全制度的效力，加强法律监督并统一各地法院的做法。
