1、外形。

马克笔笔头和笔杆则为扁的方形，也是由笔杆、笔芯、笔尖三部分构成；水彩笔笔头和笔杆均为圆形，由笔杆、笔芯、笔尖三部分构成。

2、价格。

马克笔的价格要高于水彩笔的价格。24色的水彩笔价格大约为25元左右，24色的马克笔的价格大约为45元左右。

3、种类。

马克笔分为油性马克笔和水性马克笔两种，油性马克笔多用于一次性的快速绘图，干的很快，耐水、耐干。虽然不能溶于水，但是能溶于酒精，如果笔干掉了，在笔芯里加入点酒精又可以接着用一段时间。水性马克笔色彩明亮，能够溶于水，干了往笔芯内加点水也还能接着用一段时间。

水彩笔有单色水彩笔、双色水彩笔和多色水彩笔，单色水彩笔只有颜色的区别，有12色、24色、36色等色号。双色水彩笔书写起来有2种颜色。多色水彩笔是由多种颜色的笔芯合在一起做成一个笔头，常用于美工作画。