公七彩神仙鱼的体型比较大,并且头顶会凸起,颜色也比较暗淡,尾鳍与母七彩神仙鱼相比较尖,生殖器比较小,呈半圆尖形。而母七彩神仙鱼体型较小,头顶平滑,鱼体颜色鲜艳,尾鳍圆滑,生殖器较长,呈管状。
七彩神仙鱼分辨公母的方法一般来说,公七彩神仙鱼成年后的体型要大于母七彩神仙鱼的体型,不过公七彩神仙鱼的头顶上会凸起,而母七彩神仙鱼的头顶是平滑的,但是相对于高深的鱼种不太明显。
其次,身上颜色鲜艳的七彩神仙鱼一般是母鱼,相反,颜色暗淡的则就是公七彩神仙鱼。从尾鳍上看,尖的是公七彩神仙鱼,比较圆滑的则是母七彩神仙鱼。
另外,可以观察七彩神仙鱼的生殖器,位于两条腹鳍中间,母七彩神仙鱼的生殖器长度较长,并且呈现管状,而公七彩神仙鱼的生殖器较小,呈现半圆尖形。