农田土地使用证的办理程序如下：

一、土地登记申请。需要提交以下资料：

1、土地登记申请书。

2、土地使用权利人身份证或户口册复印件。

3、土地使用的权属证明材料。

4、初始登记颁发的土地证书。

5、建设用地批准书。

6、批准用地缴税费发票或罚款收据复印件。

二、地籍调查。国土资源所派员进行地籍权属调查。

三、权属审核。地籍调查符合规定的在20个工作日内给予办理并报县级人民政府审查批准。

四、登记发证。县级人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。