1、别称不同：上天竺寺别称为法喜寺。中天竺寺的别称为法净寺。下天竺寺别称为法镜寺。

2、开山祖师不同：上天竺寺开山祖师是僧道翊，其在白云峰下结庐，为上天竺开山祖师。中天竺寺的开山祖师是宝掌禅师。下天竺寺的开山祖师不详。

3、僧侣性别不同：下天竺寺僧侣性别有别于上天竺寺和中天竺寺。下天竺寺僧侣性别是女，上天竺寺和中天竺寺僧侣性别是男。

4、创建年代不同：天竺三寺中的下天竺寺创建年代最早，距今已有一千六百六十馀年。上天竺寺创建年代约在五代吴越王时907—960年。中天竺寺的形成年代在介于两者之间。

5、地理位置不同：天竺三寺均位于杭州市的天柱山，从灵隐咫尺西天照壁沿天竺溪而上，具体的位置分别依次为下天竺寺、中天竺寺以及上天竺寺。