小麦的主要病害有白粉病、纹枯病、赤霉病、杆锈病、叶锈病、条锈病、霜霉病、炭疽病、全蚀病、黑穗病、根腐病、黄矮病、丛矮病、黑颖病、细菌性条斑病、梭条斑花叶病毒病及孢囊线虫病等。