1、工作重心不同：中统的工作重心是监控国民党机关内部情况，军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

2、工作领域不同：中统的属党内，军统的属军中。

3、外表特征不同：军统属于军队穿军装，中统属于党，不穿军装。

4、成立原因不同：中统是为维护统治，军统是为加强集权。

5、组织形式不同：中统局的特务活动遍及全国，军统局的组织形式是局、区、站、组、队。

中统和军统：

中国国民党中央执行委员会调查统计局（简称为中统（局））是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。中统是国民党党务部门控制的特务机构，与军统并称国民党两大特务组织。国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局，BIS），是中华民国情报机关之一。1938年成立，1950年解散的中国台湾地区情报机关之一。1949年，军统主要机构撤至台湾。中华人民共和国中央人民政府对留在大陆的军统进行清洗，到五十年代中期，军统在大陆大致被肃清。