音色不同：伏羲氏古琴相对来说声音要浑厚一点，保留了唐琴大而浑圆的音质特色；仲尼式相对来说更加契合宋词的风格，音质纤细、细腻，音域更加宽广，音色更加明亮。外观特点不同：伏羲氏古琴在琴的下部起弯的地方多了一个弯；仲尼式只在琴体的腰部和头部有两个凹进的线条。