他们两者的区别主要有以下的三大点：

1、新农村合作医疗是农村户口的买，居民医疗保险是非农业户口的买。

2、新农合主要是让农民在乡镇卫生院报销得多，起付线低，在城里的医院报得相对比较少；居民医疗保险起付线比新农合稍高，在大医院报销比例稍高一些，交钱也就相应的多缴一些。

3、新农合可以报销的医药目录比城镇医保要少一些，新农合在乡镇医院报销比例高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低百分之一二十，最高封顶也比城镇医保少。

以上是我对这个问题的解答，希望对大家有所帮助，谢谢！