肥育猪呼吸系统综合征的病变以呼吸系统为主。气管和支气管内有带泡沫的黏液。胸腔一般都有胸水，心包液增多。猪圆环病毒II型继发猪副嗜血杆菌和放线杆菌时，胸水呈黄白色，其中含有大量纤维素，并附着在肺叶浆膜面上，与心包或胸壁粘连。肺间质增宽，膈叶有脓肿，肺脏的颜色呈红褐色，浆膜面有大量紫红色出血点。