疾病是引起哺乳仔猪死亡的重要原因之一。常见病有肺炎、腹泻、低血糖、溶血病、先天性震颤综合征、渗出性皮炎、仔猪流行性感冒、贫血、心脏病、寄生虫病、白肌病和脑炎等。据统计，由腹泻引起仔猪死亡的比例高达26.1%，尤其是仔猪黄白痢、传染性胃肠炎、生理性腹泻等。由于哺乳期仔猪胃发育不完全、消化功能不完善，易受外界环境的影响而产生消化不良，表现为生理性腹泻，也容易受致病性大肠杆菌等的侵害而发生仔猪黄白痢，在寒冷季节则易感染传染性胄肠炎。母猪因子宫炎或乳房炎等，不仅母猪体温升髙，而且奶中有毒素，会引起仔猪腹泻、脱水死亡;先天性遗传因素，如先天性肌痉挛和癲痫也会造成仔猪死亡;从母体传染给仔猪的疾病，如细小病毒病、伪狂犬病、猪繁殖与呼吸综合征、布鲁氏菌病等，也会引起仔猪患病死亡。