小麦茎基腐病可在返青期的时候喷洒甲霜恶霉灵，恶霉灵，咯菌清或者戊唑醇等药剂来控制病害。栽培的时候就要选抗病能力强的品种，例如可选鲁原502，济麦22，良星99等。种植前先对种植进行包衣，可用酷拉斯50毫升兑水1-1.5斤包100斤种子，这样可提高抗病能力。此外，栽培期间适量增施磷钾肥，及时防治害虫。