使用除草剂对土壤的危害有：可以使土壤酸性化；使土壤中氮磷钾钙等养分降低，使农作物的产量受到影响；导致土壤中的空隙度变小，从而造成土壤出现板结现象等。

除草剂有一定的副作用，在使用过程中会产生很多危害。农田喷施除草剂后，不被杂草吸收的的除草剂成分会游离存在于土壤中，不利于农作物生产，比如会使农作物减产，使农作物出现畸形现象，影响农作物的下一代作物。除草剂不止会造成环境污染，也会间接对人体造成伤害。并且农作物会吸收并积蓄除草剂，最终人体食用这些农作物，会危害人体的健康。

据估计，美国与化学除草剂有关的癌症患者数约占全国癌症患者总数的20%。严重者甚至影响胎儿的畸形发育。