无土育苗时，浇水与传统育苗方法不同，浇水次数也要频繁得多。特别是穴盘苗穴的基质量少，又是干种子直播，所以要求播后的水一定要浇透，以孔穴底孔向外渗水为标准。

冬春季出苗前考虑用地膜把苗盘覆盖一下，一是为保温，二是可以保湿，这样到出苗前可以不再浇水；夏季温度高、水分蒸发快，要小水勤浇，保持上层基质湿润，以利出苗，但也不能水分太大，防止种子腐烂。出苗后到第一片真叶长出，要降低基质内水分含量，水分过多易徒长。其后随着幼苗不断长大，叶面积增大，同时蒸腾量也加大，这时如果秧苗缺水就会受到明显抑制，易形成老化苗；反之，如果水分过多•在温度高、光照弱的条件下秧苗易徒长，在夜温低的情况下易发生猝倒病和沤根病。

另外，水分大，使苗床内空气湿度增高，易导致较多的病害发生。夏天多选择小孔盘，由于温度高，幼苗蒸发量大，基质较易干，在勤浇水的同时，也要防止水分过大和防雨涝，在遇阴雨天时空气湿度大，如果浇水过多就会烂苗。