水蛭干燥全体炮制后可作药用。中国古代医书中记载可利用蚂蟥治病，如《本经》中谓其主逐恶血、瘀血、月闭、破血消积聚……；明代李时珍《本草纲目》汇集了前人用蚂蟥治病的经验；占时医学上常用来吸取脓血。

在国外，公元1500年前，埃及人首创医蛭放血疗法。在中医药学认为，水蛭的干燥体是一种通径、破瘀、消积散结、消肿的中药材，其性平、味咸、苦、有小毒。中国中医用水蛭治疗中风、风湿痹痛、淋闭、肝脾肿大、闭经、截瘫以及心绞痛等。由于医蛭吸血时其唾液腺分泌抗凝剖水蛭素，以及扩张血管的组织胺类物质；还有一种能溶解血块的纤维蛋白酶和另一种能分解动脉粥样硬化斑块的纤维蛋白酶。

1987年在中国首先应用医蛭治疗断指再植术后瘀血成功数例。医蛭唾液中含有多种活性物质，受到各国科学家的广泛重视。英、美、法等国的医生，在显微外科手术中要复置和连接手指、脚趾和鼻子上的小骨头，在拼合碎骨时，柔软、纤细的小静脉血管很容易被周围的组织阻塞。如果在这一部位放1条水蛭，它一面吮吸渗出的血液，同时释放防止血液凝固的物质。几天以后，患者骨头重接处就会恢复正常血液循环。

近年来，整形外科医生利用医蛭消除手术后血管闭塞区的瘀血，减少坏死发生，从而提高了再植或移植组织器官手术的成功率。利用水蛭开发的药物对心血管、脑血栓、心绞痛、肿瘤、颈淋巴核等疾病都有较好的疗效。但由于近些年来化肥、农药的普遍使用及工业污废水对水蛭的危害，其野生资源锐减，不能满足开发利用的需要，因此，人工养殖水蛭有着广阔的前景。