施用时间与天气状况、蔬菜不同发育阶段及蔬菜作物种类有关。要根据棚内作物开始光合活动的光照强度确定，当光照强度达到5000LX时，光合强度增加，棚内二氧化碳浓度下降，这时开始施用。一般晴天在日出后30分钟施用二氧化碳。如果棚内施入了大量有机肥，因肥料分解使土壤中释放二氧化碳较多，施二氧化碳的时间可推迟到日出后l小时，在通风换气前的半小时停止使用。秋、春季节外界气温较高，温室通风的时间提早而且长，施用二氧化碳时间较短，一般2~3小时；冬季气温较低，棚内通风时间短，施用二氧化碳时间较长；上午作物同化二氧化碳能力强，可多施；下午同化能力弱，可施用较低浓度或不施。

对蔬菜作物来说，一生中以前期施用二氧化碳效果较好。在育苗期，因苗子集中、面积小、施用二氧化碳设施简单，施用后对培育壮苗、缩短苗龄期都有良好效果。棚内定植的作物，可在定植后一周左右。