1、用硫酸铜全池泼洒，使池水含药为每立方米0.7克，在下风处要重洒。隔1-2天后，藻体死亡分解，适当加入新水，改善水质。

2、利用甲藻在水温、pH值等环境突然改变后将会大量死亡的特性，当它大量繁殖时，用加入大量新水和撒入石灰的办法，抑制其繁殖生长。