南京经济适用房购房满5年是以购房发票记载时间起算。

　　拓展阅读：经济适用住房建设管理

　　经济适用住房的规划设计应当坚持标准适度、功能齐全、经济适用、资源共享、便利节能的原则，并结合全面建成小康社会的目标，优选和优化规划设计方案；

　　经济适用住房建设必须严格执行国家有关技术规范和标准，推广应用先进、成熟、适用的新技术、新工艺、新材料、新设备，实现住宅部件的标准化、集约化、系列化，降低成本，提高住宅建设整体水平。

　　有关住房质量和使用功能等方面的要求，应在建设合同中予以明确。