3号线全长44.9公里，线路途径浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区。共设置29座车站，其中林场站为高架站，其余28座车站均为地下站。3号线北起林场站，下穿长江进入南京主城，一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站，串联起江北新区、主城区和东山副城。车站自北向南依次为：林场站、星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、上元门站、五塘广场站、小市站、南京站、南京林业大学·新庄站、鸡鸣寺站、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站、宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站、诚信大道站、东大九龙湖校区站、秣周东路站。