益生菌是对人体有益的菌群，对于改善婴幼儿便秘、腹泻、增强肠道免疫力，有一定效果，但并不代表可以将益生菌当做保健品，长期食用，可能存在副作用。
长期应用会形成依赖性
医学研究证明：人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久之人体肠道便会产生依赖性，医学上称之为"益生菌依赖症"。而人体一旦患上"益生菌依赖症"，终生都将依靠和使用人工合成的口服益生菌产品来维持肠道的健康状态。
过度使用存在健康隐患
一些医学专家还提出：益生菌的过度使用可能成为孕育"超级病菌"的新温床。由于许多乳酸菌对抗生素具有多重抗药性，透过与病原菌的共同生活、接触，很可能将自身携带的抗药性基因传递给病原菌，使之获得抗药性而成为"超级病菌"，导致感染时可能无药可医。其他可能的副作用还包括影响醣类与脂肪的代谢功能以及免疫功能失调等等。
不当给用可能引起败血症等疾病
免疫不全、免疫低下患者，或者极度虚弱者在使用益生菌时要特别留意感染风险，益生菌很可能留在血液中，进而引起败血症、心内膜炎等疾病。
请勿滥用益生菌
在此声明：此文并不是说益生菌不好，也不是告诉大家益生菌不能用，而是告诉大家应用益生菌有它的适应症，不能滥用，如果把它当作补药和保健药物长期给孩子服用，反而会扰乱人体的肠胃的内环境。应用益生菌制剂，最好在医生指导之下短期使用。当然，吃些含益生菌的食物，如酸奶、奶酪等是不错的选择。
注意事项
专家表示，宝宝的肠道在不断发育，良好的肠道应该自己调节菌群平衡，在宝宝一切正常，无腹泻，无便秘，宝宝消化也还好，抵抗力也还好的情况下不需要特别服用益生菌。等宝宝出现这些症状的时候可以适当服用，帮助宝宝调理下肠道菌群，改善症状后就可以停服了。抵抗力差的孩子一般益生菌的最佳食用周期是1-3个月的，可以根据宝宝自身情况的改善来决定服用时间的长短。
