1、若当事人协商处理的，流程为达成赔偿协议、指定协议书、履行赔偿义务等；
2、若当事人调解处理的，流程为申请调解、制作调解协议、履行调解协议等；
3、若当事人起诉处理的，流程为提交起诉状、法院依法裁判、履行生效裁判文书等。
4、法律依据：《医疗事故处理条例》
第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。