一、非法经营药品罪立案标准有:
1、个人非法经营数额在五万元以上,或者违法所得数额在一万元以上;
2、单位非法经营数额在五十万元以上,或者违法所得数额在十万元以上;
3、虽未达到上述数额标准,但两年内因同种非法经营行为受过二次以上行政处罚,又进行同种非法经营行为;
4、其他情节严重的情形。
二、法律依据:
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》第七十九条:违反国家规定,进行非法经营活动,扰乱市场秩序,涉嫌下列情形之一的,应予立案追诉:
(八)从事其他非法经营活动,具有下列情形之一的:
1.个人非法经营数额在五万元以上,或者违法所得数额在一万元以上的;
2.单位非法经营数额在五十万元以上,或者违法所得数额在十万元以上的;
3.虽未达到上述数额标准,但两年内因同种非法经营行为受过二次以上行政处罚,又进行同种非法经营行为的;
4.其他情节严重的情形。