1、建设工程施工合同备案有效，但该备案与合同是否生效无关，依法签订的合同是在备案前已经生效的，不论是否备案，合同都是有效的。备案是属于行政管理的一项要求。
2、法律依据；《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》
第十八条 依法必须进行施工招标的工程，招标人应当在招标文件发出的同时，将招标文件报工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案，但实施电子招标投标的项目除外。建设行政主管部门发现招标文件有违反法律、法规内容的，应当责令招标人改正。