环境污染健康损害补偿的处理方法是：
1、对污染损害进行定性，即确定污染物损害是否由污染引起；
2、对污染损害的责任进行定性，即确定污染损害的责任是否在企业；
3、对污染损害进行定量，即对污染损害赔偿数额进行合理确定。