孩子三个月时离婚，抚养权一般归母亲。我国法律规定，两周岁以下的孩子一般随母亲生活。但存在以下情形之一时，孩子可随父亲生活：
1、母亲患有传染性疾病或其他严重疾病，不宜抚养子女;
2、母亲有抚养条件但不愿尽抚养义务，父方愿意抚养子女;
3、存在导致子女确无法随母方生活的其他原因。