1、清咸丰年间，大报恩寺塔毁于战火。关于此塔的被毁有两种说法：一说是清军攻占雨花台后，太平军为防清军占据大报恩寺塔居高临下炮轰南京城，太平军先下手为强，遂“用火药轰之，复挖空塔座下基地，数日塔倒，寺遭焚毁”。另一说则是毁于1856年天京之变中，北王韦昌辉因为担心翼王石达开占领城外的琉璃塔炮轰城内，遂炮轰、炸毁此塔。

2、这两种说法其实无区别，都是说琉璃塔毁于太平军的炮火中。