一、基本陈列展区位于博物馆二层，面积约4000平方米。

　　展览特点：该展览的特点是以全国大运河发展历程奠定宏大的时空与叙事背景，着力突出北京与大运河的互动关系、北京在大运河历史上的龙头作用，以人、水、城为内容主线，从人文地理视角、生态文明展示北京城市发展历史、建设成就。

　　二、专题展由京城系列、京津冀系列、收藏系列组成。

　　京城系列包括《北运河历史文化画卷专题》《“畅游大运河”沉浸式数字体验专题》《故宫博物院藏文物系列专题》，京津冀系列将首先推出《京津冀协同发展专题》，收藏系列将推出《北京市文物交流中心藏品专题》。

　　三、开放展区：大运河博物馆为观众打造了人文、休闲、科技相融合的体验式开放展示区。

　　1、人文休闲暨数字科技体验区位于B1层的开阔空间，展示反映北京与大运河主题的艺术品及数字科技交互体验展项，使观众一进入场馆即感受到强烈的历史文化氛围与现代科技的感染力。

　　2、人文休闲展示区位于1层大堂、2层中厅北侧(正对共享大厅连廊入口)，展示北京与大运河历史文化题材场景复原。

　　3、当代艺术休闲展示区充分利用2、3层休息区，展示当代名家雕塑与工艺美术品，渲染艺术与时尚活力。

　　4、石刻园林展示区在B1层连廊错落有致地裸展馆藏古代石刻文物，营造传统园林的氛围。

　　5、建筑隔震科普展示区与石刻园林展示区相邻，通过东馆建筑隔震剖面科普博物馆隔震减震知识、传播文物保护理念。

　　此外，大运河博物馆还设有临时展览。临时展览立足于“城”，以“解读灿烂中华”为重点，服务京津冀协同发展，并合作引进境外优秀展览。

　　“大运河博物馆有两个临展专用展厅可以组合为一个大型临时展厅。同时部分专题展消除了与临时展览之间的界限，也将承担临时展览的功能。”