公积金贷款后，钱是从还款银行卡中扣除。公积金中心只负责审核公积金贷款申请，签订房贷合同、放款还是由银行来进行，因此由哪家银行放款，还款银行卡就是哪家银行的。而办理了公积金对冲，系统会扣除公积金账户余额来抵消每月应还的房贷，当公积金账户余额不足时，才会扣还款银行卡中的钱。

因此，公积金贷款可能会从多个渠道进行扣款，但总扣款金额肯定会与应还款金额保持一致。