首先它们的制作外皮的材料不同，云吞皮是用鸡蛋和面粉制成的。馄饨皮是用清水和面做成的皮。而且馄饨与云吞的外皮形状不同。云吞多用8厘米乘以8厘米的正方形。馄饨皮是边长为6厘米的正方形，或底边长约7厘米的等腰梯形。再者，云吞和馄饨的外皮的厚度不同。馄饨皮薄，云吞皮厚。馄饨皮薄馅多，煮熟后可以连汤一起吃，容易消化，所以比较受人们喜爱。

另外，云吞和馄饨的馅的材料不同。馄饨一般是以菜、肉、糖或蜂蜜等制作的馅料，用开水煮熟即可食用。云吞是用猪肉、菜和葱花混合剁碎调味而成。也可以加入虾仁、蛋黄、香菇、马蹄制作的云吞馅，可以用水煮熟或者加入面条煮熟均可。