1、水质不同：天然水又称为山泉水，取自污染较少的地表水或地下水；矿泉水从地下深处自然涌动或经过人工揭露未受污染的地下矿水。

2、矿物质含量不同：天然水含有一定量的矿物质，呈天然弱碱性；矿泉水含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体，含有较多的矿物质。

3、效能不同：天然水包括江河、海洋、冰川等地表水以及土壤、岩石层内的地下水等天然水体，来源较多；矿泉水对人体的新陈代谢具有一定的促进作用。