商标注册费用应计入无形资产科目，同时要做无形资产处理，按照商标使用年限，摊销后应计入管理费用。公司在生产经营的过程中，会注册自己的商标，商标注册是商标使用人取得商标专用权的前提和条件，只有经核准注册的商标，才受法律保护。这个过程是需要交纳一定的费用，而商标注册费就是指在申请商标注册过程中公司应当缴纳的费用。