企业作废发票的，必须收齐所有联次的纸质发票，在纸质发票中加盖“作废”字样，并妥善保管。这样，报税系统以及纸质发票都完成了作废。对于要作废的的发票，已经加盖作废字样的纸质发票，不能私自销毁或丢失，必须妥善保管，企业可以单独存放，以备核查。根据相关的法规要求，发票管理要建章立制，设置台账并定期保存，已开具的发票存根联和发票登记簿及相关账册等应当保存5年，保存期满报经税务机关查验后销毁。