一般情况下，运输合同的印花税，是按照运输费用的千分之零点五进行贴花，纳税人是立合同的人，也就是合同的双方当事人都需要缴纳印花税，例如公司采购货物支付运费一万元，承运人开来一万元运费发票结账，在开票时已向税务局交了五元印花税，双方都需要交这笔运费的印花税，印花税金额为五元。

法律依据：

《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》第三条条例第二条所说的建设工程承包合同，是指建设工程勘察设计合同和建筑安装工程承包合同。建设工程承包合同包括总包合同、分包合同和转包合同。