首先，从概念上来讲，小产权房不是法律上的概念，而是社会实践长期形成的概念。其次，小产权房没有房产证，而商品房有房产证；然后就房屋拆迁而言，商品房被拆迁能够得到政府的拆迁安置补偿，而小产权房不能；并且，小产权房不能办理登记及抵押，也就没有抵押等他项权利；而商品房可以进行抵押。

法律依据

《中华人民共和国城市房地产管理法》第二条　在中华人民共和国城市规划区国有土地（以下简称国有土地）范围内取得房地产开发用地的土地使用权，从事房地产开发、房地产交易，实施房地产管理，应当遵守本法。本法所称房屋，是指土地上的房屋等建筑物及构筑物。本法所称房地产开发，是指在依据本法取得国有土地使用权的土地上进行基础设施、房屋建设的行为。本法所称房地产交易，包括房地产转让、房地产抵押和房屋租赁。