如果借款合同约定了仲裁委员会，但是实际上该仲裁委员会与合同约定的仲裁委员会不一致，那么应该按照合同约定的仲裁委员会进行仲裁。

　　如果与借款人或者借款人所在的公司之间发生纠纷，可以向该合同约定的仲裁委员会提起仲裁申请，要求按照合同约定的仲裁条款进行仲裁。如果和借款人或者借款人所在的公司无法就仲裁委员会达成一致，那么可以向您所在地的人民法院提起诉讼，要求按照合同约定的仲裁条款进行仲裁。

　　需要注意的是，如果选择了仲裁，那么仲裁庭在仲裁过程中可能会依据合同约定的仲裁条款进行仲裁，也可能会依据实际情况进行仲裁。因此，最好在仲裁协议中明确约定仲裁委员会的具体名称和地址，以便于仲裁程序的顺利进行。