锰是叶绿体的组成物质，直接参与光合作用，在叶绿素合成中起催化作用。是许多酶的活化剂，还可以影响激素的水平。锰对酶的活化作用与镁相似，大多数情况下可以互相代替。根中硝酸还原过程不可缺少锰，因而锰影响硝态氮的吸收和同化。

果树缺锰时，叶绿体中锰的含量显著下降，结构也发生变化，光合作用明显受到抑制，使叶片失绿或呈花叶。苹果缺锰时，叶脉间失绿，浅绿色，有斑点，从叶缘向中脉发展；严重缺锰时，脉间变褐色并坏死。

锰过多时能抑制三价铁还原成二价铁，降低铁的生理活性，树体表现缺铁失绿症状，还易引发苹果粗皮病。

石灰性土壤、通气良好的轻质土壤，以及山坡顶部的土壤，锰的有效性较低，易表现缺锰症状。酸性土壤、黏重土壤、山根土壤，以及易积水的土壤，锰的有效性高，易表现多锰症状。