所谓违章建筑，是指在没有依照《中华人民共和国城乡规划法》等法律、法规的规定取得相关审批手续的情形下形成的建筑。而违法占地，是指违反《中华人民共和国土地管理法》等法律、法规的规定，未取得相关手续违规占用土地。二者虽然截然不同，但实践中相关部门往往将其混为一谈，并进而导致职权部门作出超越自身职权范围的认定结论。

北京的王先生，系某村村民，在该村享有宅基地使用权。1993年11月，原xx县人民政府为王先生核发了集体土地建设用地使用证，确认王先生宅基地使用面积为462.69平方米。

2011年6月2日，受北京市国土资源局xx分局委托，陕西国土测绘工程院对王先生宅基地使用现状进行实地测绘和面积计算，形成测绘成果—现场勘测图一份，该勘测图中载明王先生总地面积672.63平方米，建筑面积274.15平方米。

2011年7月11日，北京市国土资源局xx分局向镇政府出具了一份关于对王先生所在村村内违章建筑处理的函，其内容为，该分局收到了北京市国土资源局转来的关于王先生超占宅基地建房问题的举报信。该分局执法队、分局第一土地管理所、该镇村镇建设科及村委会相关人等与陕西国土工程测绘院对王先生宅基地进行实地测量后，其宅基地现使用面积为672.63平方米，超占面积209.94平方米，认定地面建筑为违章建设。希望镇政府依据北京市人民政府令第228号的相关规定，对王先生超占宅基地违法建设部分(209.94平方米)进行拆除并恢复土地原貌。

2011年8月22日，北京市xx县xx镇人民政府出具了一份限期拆除的《通知书》，并于当日向王先生送达。王先生不服，向法院提起行政诉讼。

人民法院经审理认为：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条规定：“在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正;逾期不改正的，可以拆除。”根据上述法律规定，被告作为顺义区乡镇一级人民政府，对辖区内违反乡村建设规划进行建设的行为，具有责令限期改正的法定职权。

本案中，被告作出被诉《通知书》之前，未向规划部门就原告的建设行为是否取得乡村建设规划许可证进行调查取证，即依照国土部门认定原告所建建筑属于违章建筑的结论要求原告自行拆除违章建筑，且没有明确对于原告应当自行拆除的建筑物的具体的位置、尺寸，故被告作出《通知书》的主要证据不足，认定事实不清。

最终，法院判决撤销被告作出的《通知书》。

晏清专业律师解读：国土部门是否有权认定违章建筑?违章建筑应由哪个部门来认定?本案中，被告作出被诉《通知书》的依据之一是国土部门出具的“关于对某村村内违章建筑处理的函”，该函中北京市国土资源局xx分局认定原告“超占面积209. 94平方米，地面建筑为违章建筑”。因违章建筑与违法占地两者存在明显差别，因此对其进行认定的职权部门也不同。在乡、村庄规划区内，认定违章建筑的职权部门应是乡镇人民政府，违法占地问题则应由国土部门作出认定。而本案中，违章建筑的性质却由国土部门认定，因此国土部门的这一认定应属超越职权，其出具的函应属部分无效，被告依据该函所作的限期拆除通知亦因此存在欠缺。如果您有其他相关的法律问题，建议向专业拆迁律师咨询。