飞蟹的体色随周围环境而变异。生活于砂底的个体,头胸甲呈浅灰绿色,前鳃区具一圆形白斑,螯足大部分为紫红色带白色斑点,一部分或整个腹面为白色,前3对步足长节和腕节也呈白色,掌部为蓝白色,软毛棕色,指节紫蓝色或紫红色,第4对步足为绿色带白斑点,指端紫蓝色。生活在海草间的个体体色较深。为杂食性,鱼、虾、贝、藻均食,甚至也食同类,喜食动物尸体。
头胸甲呈梭形,稍隆起。表面有3个显著的疣状隆起,1个在胃区,2个在心区。其体型似椭圆,两端尖尖如织布梭,故有三疣梭子蟹之名。两前侧缘各具9个锯齿,第9锯齿特别长大,向左右伸延。额缘具4枚小齿。额部两侧有1对能转动的带柄复眼。有胸足5对。螫足发达,长节呈棱柱形,内缘具钝齿。第4对步足指节扁平宽薄如桨,适于游泳。腹部扁平(俗称蟹脐),雄蟹腹部呈三角形,雌蟹呈圆形。雄蟹背面茶绿色,雌蟹紫色,腹面均为灰白色。